O procurador-geral da República, Paulo Gonet, argumentou que, devido à manutenção das razões que justificaram a decretação da prisão preventiva e à ausência de fatos novos que alterem o cenário probatório, não há motivo para revogá-la. A decisão inicial, proferida pelo ministro Alexandre de Moraes, do Supremo Tribunal Federal (STF), destacou o papel de liderança, organização e financiamento de Braga Netto em planos considerados golpistas, conforme revelado pelos desdobramentos das investigações.
A prisão preventiva, medida cautelar utilizada para garantir o andamento das investigações e evitar interferências, foi defendida pela Procuradoria-Geral da República como necessária para impedir riscos à apuração do caso. A Polícia Federal justificou a prisão sob o argumento de que a liberdade de Braga Netto representaria risco à ordem pública, dado seu potencial de interferir na investigação. Além disso, depoimentos, como o de Mauro Cid, apontaram tentativas de coleta de informações por parte de Braga Netto e outros envolvidos.
Por outro lado, a defesa do general Braga Netto afirmou que não houve qualquer obstrução às investigações e que se pronunciará formalmente após ter pleno acesso aos autos do processo. Braga Netto, que foi ministro da Casa Civil e da Defesa no governo Bolsonaro, também integrou a chapa presidencial do ex-presidente em 2022 como candidato a vice.